L'oscuro impero di Baramekia provoca la morte dei genitori dei quattro giovani: Frionel, Guy, Maria e Lionheart. Per vendicarsi e ribellarsi all' oppressione dell' Impero i quattro entrano a far parte di un movimento di resistenza. Durante la lotta si uniranno a loro altri personaggi come la maga Hilda, il ladro Paul e Cid, scoprendo ben presto che dietro Baramekia si cela la minaccia della tenebrosa Dark Cloud. Nel secondo episodio i personaggi cominciano ad avere una propria personalità e la trama si fa più delineata con colpi di scena e tradimenti. Per la prima volta appare Cid, personaggio storico della serie, che anche in FFII ha a che fare con le caratteristiche navi volanti e le macchine in generale. Il sistema di gestione delle abilità presenta molte somiglianze con la serie SaGa, dove le caratteristiche dei personaggi diventano più potenti con l'utilizzo. Curiosamente, una versione in inglese quasi completa di FFII non fu lanciata negli USA per alcuni problemi tra Square e Nintendo, gli stessi che in seguito avrebbero impedito anche a FFIII di sbarcare in occidente.

Taciturno e schivo, Guy nasconde dietro il suo aspetto duro una forte sensibilità che lo rende capace di comunicare con gli animali. ...

Leonhart è il fratello maggiore di Maria. Dopo l'assassinio dei suoi genitori fugge dal suo villaggio insieme agli altri, ma scompare durante uno scontro con i cavalieri dell' Impero

E' stato adottato dai genitori di Leonhart ed è molto affezionato alla sua famiglia, ma le sue vere origini sono sconosciute. In cerca di vendetta per l'uccisione dei suoi genitori adottivi.